在东京的阴暗角落，神秘怪物“幻影兽”频繁袭击人类，只有少数人能看见它们。高中生天野翔在一次意外中获得了神秘的ZEZTZ驱动器，变身成假面骑士ZEZTZ。他发现自己拥有操控时间的能力，但每次使用都会消耗生命能量。为了寻找真相，他加入秘密组织“时之守护者”，与同伴一起对抗幕后黑手“混沌议会”。在战斗中，翔逐渐揭开自己身世之谜——他其实是来自未来的时间旅者，而幻影兽正是时间紊乱的产物。最终，翔必须做出选择：牺牲自己修复时间线，或改变过去拯救所爱之人。一场关于命运与责任的战斗就此展开。